大会报告题目为《坚持两个文明一齐抓 开创医院工作新局面》。报告指出，医院党政领导班子始终团结协作，配合默契，坚持四项基本原则，坚持改革开放，以改革总揽全局，不断改善我院医疗条件，大力提高我院医疗、教学、科研水平。尤其是党的十三大召开以来党委坚持学习社会主义初级阶段的基本理论，认真贯彻执行党在社会主义初级阶段的基本路线，从严治党，努力发挥党的保证监督作用，开创了医院工作的新局面，基本完成和实现了一届党委成立之初提出的医院发展七五规划前三年的预定计划的目标，在精神文明和物质文明建设两个方面都取得了一定的成绩，初步改变了医院的面貌。
　　大会提出下一阶段的任务：全体党员要响应中央政治局的号召，使大会努力体现政治局会议精神，既要在已有成绩的基础上进一步解放思想，统一认识，明确我院七五规划最后二年期间医疗、教学、科研发展战略目标和实现措施，又要头脑清醒，量力而行，主次分明。我们要进一步组织和动员全体党员带领全院群众奋发图强，努力使我院工作跃上新的台阶。

　　中国共产党南通医学院附属医院第二次代表大会
　　时 间：1991年11月16日-20日

　　大会报告题目为《坚持社会主义方向 发挥政治核心作用》。报告指出，从一九八八年十月以来，在医学院党委的直接领导下，我们认真贯彻执行了党的十三大以来的路线、方针、政策，进一步加强了医院党的建设，加强和改进了思想政治工作，坚持两个文明一起抓，坚持社会主义的办院方向，保证了医院治理整顿、深化改革的顺利进行，促进了医院医疗、教学、科研总体水平的不断提高，维护了医院安定团结的政治局面，使医院各项工作在原有的基础上前进了一大步。
　　大会提出，第三届党委工作期间，党委工作的指导思想和基本目标是：以江泽民总书记《在庆祝中国共产党成立七十周年大会上的讲话》精神为指针，坚持社会主义办院方向，在学院党委的正确领导下，坚持两个文明一起抓，紧密团结全院医护员工，走科技兴院之路，全面提高医疗、教学、科研质量，切实改进服务态度，为建设一支具有较高水平的医学科技队伍，为在三年左右的时间里实现三级甲等医院的目标而努力奋斗。

　　中国共产党南通医学院附属医院第三次代表大会
　　时 间：1999年4月28日-30日

　　大会报告题目为《团结一致 开拓进取 为实现跨世纪的宏伟目标而奋斗》。大会提出，党委工作总的指导思想是：以邓小平理论为指导，坚定不移地贯彻执行党的基本路线，坚持解放思想、实事求是的思想路线，坚持“两手抓、两手都要硬”的方针，按照中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定和全省卫生工作会议精神总揽医院工作的大局，用改革的思想认真制定并实施医院总体发展规划，树立忧患意识，抓住机遇，深化医院改革，加强科学管理，实行科技兴院，提高医疗质量，搞好行风建设，巩固“三甲”成果，力争再创辉煌。
　　大会提出下一阶段的目标：1、加强医院管理，狠抓基础质量，巩固和发展“三甲”医院成果，医疗服务质量保持省一流水平，重视人才培养和学科建设，争取某些专科达到国内领先水平；2、抓住机遇，深化医院改革，确立主动适应、主动服务于社会主义市场经济的意识，“以病人为中心”，以“优质、高效、低耗、便捷”为目标，加强内部经济核算，转换经营机制，促使两个效益同步增长，使医院综合实力步入省内同行前列；3、坚持党的领导，聚精会神地抓好党的建设、精神文明建设，探索新时期医院思想政治工作的思路和办法，把职业道德建设与医院管理有机地结合起来，树立良好的社会形象，争创文明卫生行业和“十佳医院”。

　　中国共产党南通大学附属医院第四次代表大会
　　时 间：2009年11月6日-7日

　　大会报告题目为《凝心聚力 开拓创新 为建设基本现代化医院而努力奋斗》。大会的指导思想是：高举邓小平理论和“三个代表”重要思想伟大旗帜，深入学习实践科学发展观，全面贯彻党的十七大和十七届四中全会精神，认真总结上次党代会以来医院的工作和经验，提出今后一段时期医院建设发展的总体思路、工作目标和主要任务，进一步加强医院党的建设，充分发挥党组织在医院事业发展中的政治核心和监督保证作用，团结带领全体党员和全院职工凝心聚力，开拓创新，解放思想，扎实工作，为实现医院“十一五”规划的目标，建设基本现代化医院，保障人民群众健康，服务地方经济建设而努力奋斗。
　　大会提出下一阶段的发展思路和奋斗目标：高举中国特色社会主义伟大旗帜，用科学发展观统领全局，按照建设基本现代化医院的目标，持续改进医疗质量，不断提高医疗技术和服务水平；继续实施科教兴院、人才强院战略，提高医院核心竞争力；深化内部运行机制改革，加快基本建设；不断推进党的建设，为医院新一轮改革发展提供有效的政治保障；在更高起点上打造“名医、名科、名院”，实现医院在新形势下的又好又快的持续发展。

　　中国共产党南通大学附属医院第五次代表大会
　　时 间：2017年12月29日-30日