南通大学附属医院作为省属综合性教学医院，临床教学和人才培养是医院重要工作之一。医院师资力量雄厚，拥有一批在国内外享有较高知名度的专家、教授。

　　现设有临床医学系、口腔医学系、影像医学系、康复医学系，各系分别设有内科学、外科学、妇产科、儿科学、眼科学、耳鼻喉科学、口腔医学、神经精神病学、医学心理学、中医学、传染病学、皮肤性病学、放射诊断学、超声诊断学、放射治疗学、核医学、康复医学、诊断学、外科学总论学等19个临床教研室。建设了现代化的外科学总论教学实验室、诊断学教学实验室，以及影像学等专业的教学实验室。临床技能培训中心为国家级住院医师/全科医师规范化培训基地、大学生校外实践教育基地，临床医学专业被评为省级品牌专业、国家级特色专业建设点，医学影像学专业被评为省级特色专业。

　　目前，附属医院承担了南通大学医学院、杏林学院、公共卫生学院、护理学院等7所学院24个医学类专业和专业方向临床教学、见习带教任务，以及南通大学其他实习教学基地巡回讲学、示范教学等任务，以及南通大学、苏州大学、徐州医科大学等10余所省内外高等医药院校临床医学、医学影像学、口腔医学、护理学等专业和专业方向实习带教任务。同时，作为国家级住院医师/全科医师规范化培训基地，承担着26个专业的住院医师、全科医师、专业型硕士研究生规范化培训任务，以及其他医院来院进修人员的教学等任务。